Introduction

  • Cette section décrit les stratégies de surveillance du choléra mises en œuvre dans les unités de surveillance où il y a une épidémie de choléra probable ou confirmée.  
  • Les stratégies de surveillance applicables diffèrent selon qu'il s'agit d'une transmission communautaire ou d'une transmission en cluster dans une unité de surveillance.  

Définitions

Date de début d'une épidémie de choléra 

  • Date d'apparition des symptômes du premier cas suspect de choléra d'origine locale détecté dans une unité de surveillance. 

Cas suspect de choléra 

  • En présence d'une épidémie de choléra probable ou confirmée, un cas suspect de choléra est toute personne : 
    • avec diarrhée aqueuse aiguë ; 
      ou 
    • décédée des suites d'une diarrhée aqueuse aiguë. 

Transmission communautaire 

  • Il existe une transmission communautaire si les cas de choléra confirmés ne sont pas tous liés d'un point de vue épidémiologique. 
  • Par défaut, une épidémie est classée (et surveillée) en tant que transmission communautaire, à moins qu'une transmission en cluster n'ait été démontrée par l'investigation des cas. 

Transmission en cluster 

  • Il y a transmission en cluster si les cas de choléra confirmés sont tous liés d'un point de vue épidémiologique, sur la base des résultats des investigations sur les cas.  
  • La transmission en cluster est plus susceptible de se produire au début (ou vers la fin) d'une épidémie de choléra lorsque le nombre de cas de choléra est faible. 

Fin d'une épidémie de choléra probable ou confirmée  

  • Une épidémie de choléra probable ou confirmée peut être considérée comme terminée lorsque, pendant au moins quatre semaines consécutives, tous les cas suspects de choléra ont un résultat négatif au TDR, à la culture ou à la PCR. 

Classification des épidémies: transmission communautaire ou transmission en cluster

  • Dans les pays non endémiques (y compris les pays en voie d'élimination du choléra), il est recommandé de classer les épidémies de choléra probables ou confirmées en transmission communautaire ou en transmission en cluster  
  • Si cette classification n'est pas effectuée, l’épidémie est classée par défaut comme étant à transmission communautaire 
  • Les stratégies de surveillance sont différentes selon qu'il s'agit d'une transmission communautaire ou d'une transmission en cluster. 

Suivi de l'épidémie : transmission communautaire

  • Lors d'une épidémie de choléra probable ou confirmée avec transmission communautaire, la surveillance vise à contrôler la morbidité, la mortalité et le taux de létalité afin d'orienter les interventions et d'atténuer l'impact et la propagation de l'épidémie.  

Détection et signalement des cas 

  • Des données standard sont collectées sur tous les cas suspects de choléra détectés dans les établissements de santé et les communautés. L'annexe 2 présente un modèle de formulaire de déclaration de cas de choléra, l'annexe 3 un modèle de liste linéaire pour le de choléra et l'annexe 4 un modèle de formulaire de déclaration pour la surveillance communautaire.  
  • Les données sont communiquées aux autorités sanitaires locales au moins une fois par semaine (y compris la déclaration de l’absence de cas). Une déclaration plus fréquente (c'est-à-dire quotidienne) est recommandée au début ou à la fin d'une épidémie lorsque les cas sont sporadiques. 

Tests pour le choléra

  • Tester un sous-ensemble de cas suspects de choléra testés selon un plan d'échantillonnage systématique (c'est-à-dire que le plan d'échantillonnage doit être homogène dans le temps). 
  • Si des TDR sont disponibles :
    • Tester par TDR les 3 premiers cas suspects par jour et par établissement de santé 
      et  
    • Prélever des échantillons de selles auprès de 3 patients TDR+ par semaine et par unité de surveillance et les envoyer à un laboratoire pour qu'ils soient testés par culture et/ou PCR. 
  • Si les TDR ne sont pas disponibles : 
    • Prélever des échantillons de selles sur les trois premiers cas suspects par semaine et par établissement de santé et les envoyer à un laboratoire pour qu'ils soient analysés par culture et/ou PCR. 
    • Effectuer un antibiogramme sur les 5 premiers cas de choléra confirmés par unité de surveillance. Ensuite, effectuer des tests de sensibilité aux antimicrobiens sur au moins 3 cas confirmés de choléra par unité de surveillance et par mois. 
    • La réalisation d'un séquençage du génome complet (WGS) sur un sous-ensemble de cas de choléra confirmés est également encouragée. Toutefois, cela n'est pas nécessaire pour une intervention de santé publique.  
    • Vers la fin d'une épidémie, tester tous les cas suspects par TDR, culture ou PCR. 

Analyse et interprétation des données  

  • Analyser et interpréter les données au moins une fois par semaine.  
  • Des analyses plus fréquentes (quotidiennes, par exemple) sont encouragées au début et vers la fin d'une épidémie afin de permettre une mise en œuvre rapide des interventions visant à interrompre la transmission et de confirmer la fin de l'épidémie. 
  • Effectuer une analyse des données principalement au niveau de l'unité de surveillance afin d'éclairer les interventions ciblées. 
  • Analyser séparément les données de la surveillance communautaire et celles de la surveillance des établissements de santé, mais interpréter ces flux de données conjointement. 
  • Inclure dans l'analyse les données hebdomadaires de la dernière semaine épidémiologique et les données cumulées depuis le début de l'année civile (ou la date de début de l'épidémie). Comparer les valeurs hebdomadaires avec celles de la (des) semaine(s) précédente(s). 
  • Inclure dans l'analyse une description des cas par personne, lieu et temps, ainsi que des indicateurs clés de morbidité et de mortalité. Voir ci-dessous pour plus d'informations sur l'épidémiologie descriptive et les indicateurs clés. 
  • Diffuser les résultats dans des rapports épidémiologiques hebdomadaires destinés aux autorités sanitaires, aux professionnels de la santé et à d'autres secteurs. L'annexe 9 présente les grandes lignes d'un rapport épidémiologique. 

Épidémiologie descriptive 

  • Par personne  
    • Cas 
      • Nombre de cas suspects de choléra 
      • Nombre de cas de choléra stratifiés par groupe d'âge et par sexe. Les groupes d'âge suivants doivent être pris en compte : <2, 2-4, 5-14, 15-44, 45-59, ≥60 ans. 
    • Tests 
      • Nombre de cas suspects testés par TDR ou par culture ou PCR 
      • Nombre de cas suspects testés positifs par TDR ou par culture ou PCR 
    • Décès 
      • Nombre de décès dus au choléra dans les établissements de santé  
      • Nombre de décès dus au choléra dans la communauté 
      • Nombre de décès dus au choléra stratifié par groupe d'âge et par sexe. Les groupes d'âge suivants doivent être pris en compte : <2, 2-4, 5-14, 15-44, 45-59, ≥60 ans. 
    • Gravité et hospitalisation 
      • Proportion de cas hospitalisés 
      • Proportion de cas par niveau de déshydratation (déshydratation au moins sévère) 
  • Par lieu 
    • Fournir une distribution spatiale des cas et des décès afin de décrire l'étendue géographique de l'épidémie, d'identifier les zones les plus touchées et de formuler des hypothèses sur les sources de contamination et les contextes de transmission.   
    • Inclure d'autres variables géographiques ou points d'intérêt susceptibles d'être associés à la transmission du choléra (par exemple, les sources d'eau, les principaux axes de transport, les marchés, etc.) 
  • Au fil du temps 
    • Tracer les cas de choléra et les décès dans le temps pour suivre la dynamique de l'épidémie (c'est-à-dire la courbe épidémique du nombre de cas suspects de choléra par date d'apparition des symptômes ou de consultation/admission). 
    • Les dates importantes peuvent être indiquées à côté de la courbe épidémique pour faciliter l'interprétation de la dynamique de l'épidémie (par exemple, la date du premier cas signalé, les changements dans la surveillance, la déclaration de l'épidémie, les efforts de réponse, y compris les campagnes de VCO, etc.) 

Indicateurs clés 

  • Les principaux indicateurs de morbidité et de mortalité suivants sont surveillés tout au long de l'épidémie : 
  • Taux d'incidence  
    • Le taux d’incidence indique l'évolution de l'épidémie et la vitesse de sa propagation ; cet indicateur permet de comparer les unités géographiques et les périodes de temps. 
    • Le taux d’incidence est calculé pour un intervalle de temps donné (par exemple, une semaine) et pour une unité géographique donnée (par exemple, une unité de surveillance). 
    • Le taux d’incidence est souvent exprimé pour 1 000, 10 000 ou 100 000 habitants. 
    • Calcul : 
      Numérateur : Nombre de nouveaux cas de choléra (suspectés et confirmés) signalés au cours d'un intervalle de temps donné 
      Dénominateur : Population au cours du même intervalle de temps 
  • Taux d'incidence cumulé 
    • Le taux d'incidence cumulé est la proportion de la population qui a contracté le choléra au cours d'un intervalle de temps donné (par exemple, un an ou toute la durée de l'épidémie).  
    • Souvent exprimée en pourcentage, elle indique l'impact de l'épidémie sur la population.   
    • Calcul : 
      Numérateur : Nombre total de cas de choléra (suspectés et confirmés) signalés depuis le début de l'épidémie ou depuis le début de l'année. 
      Dénominateur : Population au début de l'épidémie ou au début de l'année 
  • Taux de létalité  
    • Le taux de létalité est la proportion de décès dus au choléra dans les établissements de santé qui surviennent parmi les cas de choléra (suspectés et confirmés) au cours d'un intervalle de temps donné.  
    • Souvent exprimé en pourcentage, le taux de létalité est un indicateur de l'adéquation de la prise en charge des cas et de l'accès au traitement du choléra. 
    • Un taux de létalité >1% est généralement dû à un seul ou à une combinaison de différents facteurs tels qu'un accès insuffisant aux établissements de santé, une absence de comportement de recherche de soins et/ou une prise en charge inadéquate des cas.  
    • Le suivi du taux de létalité devrait être complété par le suivi du nombre de décès dans la communauté. 
    • Calcul : 
      Numérateur : Nombre de décès dus au choléra signalés dans les établissements de santé au cours d'un intervalle de temps donné 
      Dénominateur : Nombre de cas de choléra (suspectés et confirmés) signalés dans les établissements de santé au cours du même intervalle de temps 
  • Taux de positivité des tests 
    • Le taux de positivité des tests est la proportion de tests effectués (stratifiés par méthode de test) qui sont positifs, exprimée en pourcentage. 
    • Le taux de positivité des tests doit être examiné en même temps que la courbe épidémique afin d'interpréter les tendances des épidémies. Par exemple, un faible taux de positivité des tests qui coïncide avec une augmentation des cas suspects de choléra peut indiquer une épidémie concomitante de maladie diarrhéique causée par un agent pathogène différent, ou des problèmes de confirmation en laboratoire. 
    • Calcul : 
      Numérateur : Nombre de résultats positifs (stratifié par méthode de test) 
      Dénominateur : Nombre de tests effectués (stratifié par méthode de test) 

Détecter et investiguer la détérioration d’une épidémie

  • Une épidémie en voie de détérioration peut être détectée si, pendant au moins deux semaines consécutives, il y a : 
    • une augmentation de l'incidence hebdomadaire du choléra ; 
    • une extension spatiale de l’épidémie ; 
    • une augmentation du taux de létalité ou du nombre de décès dans la communauté ; 
    • un changement dans le profil sociodémographique des cas. 
  • Si l'on détecte une détérioration de l'épidémie de choléra, il convient de mener une investigation de terrain. La détérioration peut être due à des facteurs internes ou externes (par exemple, une capacité de réponse dépassée, une défaillance ou un échec des mesures de contrôle, des interventions mal ciblées, un changement dans les facteurs ou le contexte de la transmission, etc.)  
  • Sur la base des résultats de l’investigation de terrain, la réponse devrait être renforcée et adaptée pour contrôler l'épidémie plus efficacement (par exemple, en intensifiant les interventions, en allouant des capacités ou des ressources supplémentaires à la réponse, etc.) 

Surveillance de l'épidémie : transmission en cluster

  • Dans une épidémie de choléra probable ou confirmée avec transmission en cluster, la surveillance vise à détecter, confirmer, investiguer et réagir rapidement à un ou plusieurs clusters de cas de choléra afin d'interrompre la transmission avant qu'elle ne se propage dans la communauté.  

Détection et signalement des cas 

  • Des données standard sont collectées sur tous les cas suspects de choléra détectés dans les établissements de santé et les communautés. L'annexe 2 présente un modèle de formulaire de déclaration de cas de choléra, l'annexe 3 un modèle de liste liénaire et l'annexe 4 un modèle de formulaire de déclaration pour la surveillance communautaire.  
  • Les données standard sur les cas suspects de choléra doivent être communiquées aux autorités sanitaires dans les 24 heures. 
  • Tester tous les cas suspects de choléra. 
  • Si les TDR ne sont pas disponibles : 
    • Prélever des échantillons de selles sur tous les cas suspects de choléra et les envoyer à un laboratoire pour qu'ils soient analysés par culture et/ou PCR. 
  • Si des TDR sont disponibles : 
    • Tester tous les cas suspects par TDR 
      et 
    • Prélever des échantillons de selles chez tous les patients TDR+ et les envoyer à un laboratoire pour qu'ils soient testés par culture et/ou PCR. 
  • Effectuer au minimum un antibiogramme sur le cas index confirmé (premier cas confirmé). 
  • Il est recommandé de procéder au séquençage du génome complet (WGS) sur au moins un cas de choléra confirmé, en particulier si l'origine du cluster est incertaine. 
  • La confirmation de la toxigénicité peut également être justifiée en l'absence de lien épidémiologique établi avec un cas de choléra confirmé ou une source d'exposition dans un autre pays. 

Investigations de cas et de terrain 

  • Pour documenter les liens épidémiologiques entre les cas, il faut mener une investigation de tous les cas confirmés de choléra (au minimum) et sur tous les cas suspects pour lesquels des échantillons de laboratoire n'ont pas été prélevés (le prélèvement d'échantillons doit alors avoir lieu dans le cadre de l'investigation). L'annexe 5 présente un modèle de formulaire d'investigation sur les cas de choléra. 
  • Mener des investigations sur les cas suspects sans attendre les résultats des laboratoires.  
  • Une investigation sur le terrain peut également être entreprise pour mieux orienter la réponse.  

Analyse et interprétation des données 

  • Analyser les données de surveillance quotidiennes et les résultats des investigations sur les cas. 
  • Les principes d'analyse des données de surveillance sont généralement similaires à ceux appliqués dans le cas d'une épidémie à transmission communautaire. Toutefois, dans le cas d'une transmission en cluster, une visualisation ou une description plus granulaire des données est utile pour orienter des mesures d'intervention très ciblées. 

 

Surveillance de l’environnement

  • Lors d'une épidémie de choléra suspectée ou confirmée, l'objectif premier des analyses environnementales est de déterminer si les sources d'eau potable (de surface et stockée) sont contaminées par des matières fécales.  
  • Si la source d'eau fait partie d'un système ou d'un programme de chloration, l'analyse du chlore résiduel libre (CRL) est justifiée. La surveillance de la qualité de l'eau potable doit se concentrer sur les niveaux de CRL et les tests de base pour la contamination fécale (tels que la recherche d'E.coli) 
  • L'échantillonnage de l'environnement en vue de détecter les souches de V. cholerae n'a pas d'utilité immédiate pour la santé publique, sauf dans des circonstances inhabituelles où le choléra est rare ou inconnu et où une source unique semble probable.  
  • Les avantages des tests de dépistage de V. cholerae, tels que la surveillance à long terme et l'identification des souches, sont principalement liés à la recherche ou à la surveillance de l'élimination et dépassent donc le champ d'application du présent document.

Ressources supplémentaires

  1. Surveillance du choléra par la santé publique - Document d'orientation 2024. Groupe de travail mondial sur la lutte contre le choléra. Avril 2024. https://www.gtfcc.org/wp-content/uploads/2024/08/public-health-surveillance-for-cholera-guidance-document-2024-fr 
  2. Organisation mondiale de la santé - Bureau régional pour l'Afrique. Directives techniques pour la surveillance intégrée des maladies et la riposte dans la Région africaine de l'OMS - Livret quatre. 3rd ed. 2019. 
  3. Note technique provisoire Introduction de méthodes d'identification et de typage basées sur l'ADN pour les praticiens de la santé publique dans le cadre de l'enquête épidémiologique sur les épidémies de choléra. Groupe spécial mondial de lutte contre le choléra. Juin 2017 https://www.who.int/cholera/task_force/GTFCC-Laboratory-support-publichealth-surveillance.pdf?ua=1 
  4. Gestion d'une épidémie de choléra. Chapitre 2. Enquête sur l'épidémie. MSF. Août 2017. https://medicalguidelines.msf.org/en/viewport/CHOL/english/management-of-a-cholera-epidemic-23444438.html
  5. Organisation mondiale de la santé. Alerte précoce, alerte et réponse (EWAR) dans les situations d'urgence : guide opérationnel. 2022. https://www.who.int/publications/i/item/9789240063587
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